早在1969年即有學者提出生態系管理之想法並首先利用在陸域生態系上，但以海洋生態系為基礎之漁業管理概念卻在近年來才漸漸受到重視。過去制訂漁業管理方法通常是根據單一物種資源評估的結果，並且只關心該物種的的開發程度與永續利用，然而從生態系中移除單一物種的生物量不但會對該物種的生存產生影響，還會透過捕食-被捕食的關係影響到食物網上的每一個物種(Pauly et al., 2000)。Walters et al. (1997) 認為傳統單一物種的資源評估方法應該被以生態為基礎的方法所取代，國際糧農組織在2003年特地針對以生態系為取向之漁業管理方法 (Ecosystem approach to fisheries) 提出一系列的觀點和管理建議 (Garcia et al., 2003) ，顯示漁業管理已經由單一物種之管理方法漸漸轉變為以整個或部分海洋生態系為基礎來進行資源管理 (Dame and Christian, 2006) 。

　　由於長期的漁獲壓力與過度的開發，全世界很多魚種都面臨了過漁與資源耗竭的情形，並引起了政府，保育團體，資源管理者，漁民與社會大眾的關心(Hauck and Sweijd, 1999; Griffiths, 2000; Boyer et al., 2001; Cowley et al., 2002; Pauly et al., 2002; Myers and Worm, 2003)。以多魚種，多漁法以及以生態系為基礎之資源評估方法，已漸漸取代傳統單一魚種之資源評估方法(Walters et al., 1997; Berkes et al., 2001; Holtzhausen et al., 2001; Sowman et al., 2003) 。且在漁業管理方法上也開始有了改變。傳統上，漁業管理組織常以總容許漁獲量(Total Allowable Catch; TAC)作為管理方法，但近年來針對目標魚種之產卵季節或產卵海域，設定禁漁期與禁漁區是常見的資源管理方法(Turpie et al., 2000; Pradervand and Baird, 2002; Schoeman et al., 2002) 。禁漁期或禁漁區的設立被認為有助於目標魚種的生殖潛能(Ye, 1998)。過度的長期漁獲壓力除了會造成漁業資源的崩潰，還可能造成海洋生態系系群結構的改變與多樣性的損失(Pauly et al., 1998; Essington et al., 2006; Worm et al., 2006; Worm et al., 2009) 。Pauly et al. (1998)與Essington et al. (2006)的研究即指出全球海洋生態系都面臨了高經濟價值，體型大，高能量位階魚種的損耗。取而代之的是經濟價值較低，體型小，低能量位階的魚類、甲殼類與頭足類。Clarke and Warwick (1994)指出在過度開發的生態系，r選擇之物種取代k選擇之物種成為優勢種。以生物多樣性保育為主軸的海洋保護區劃設，被認為可能是達到漁業資源與多樣性保育與管理有效、且花費最少的重要手段之一(Lubchenco et al., 2003; Botsford et al., 2003; Bohnsack et al., 2004; 洪，2008) 。但保護區的劃設，短時期內，也勢必影響現存漁業的發展，進而影響區域經濟的走向。因此，其劃設必須要有資源面為基準，並考量當地經濟發展，甚至社會文化影響，並配合社區教育與實際參與等逐步進行，如此方能獲得民眾的充分配合，並獲致最大的成效。台灣附近海域劃設海洋保護區域並不是一僦可及的事，而海洋保護區的劃設，就漁業而言，其立即的收益主要還是在保護區的周邊水域，亦即所謂的「溢出效應」(Bohnsack, 1998; Russ et al., 2003) 的產生，也就是要讓這種「溢出效應」達到最大。因此保護區的地點，大小與規劃也就顯得非常的重要。舉例而言，如過海洋保護區劃設的區域過小，則可能達不到效果，因為只有少數的魚種受到保護，相反的，如果區域劃設的太大，則保育的效果可能較好，但對現存漁業的影響就會很大；而適度大小的區域不但可以保護重要的棲地，植物與動物，且可以有足夠的空間提供漁業的活動，因此對漁業的衝擊會最小。最近的研究(Halpern and Warner, 2002; Friedlander, 2003)也指出，沿岸區域多個小型、但含括所謂的關鍵棲地的保護區劃設，的確可以達到漁業管理的目標。此外，漁業資源的恢復與增加亦可增進生態旅遊、休閒等的經濟效益。台灣目前已在東沙環礁設立第一個海洋國家公園，主要的目的係保育珊瑚及其他海洋資源。同時，行政單位也進行許多保育與管理的作為，例如禁漁期、漁具漁法限制，漁獲量、體長限制等。建議未來宜針對其他離島例如：蘭嶼、綠島及北方三島等進行劃設之可能性評估以配合基於生態系的漁業管理的趨勢。