刑事訴訟制度之目的，旨在發現真實並保障人權，在基本結構上可大致分為職權主義及當事人主義兩套法制。職權主義較重視真實的發現，當事人主義則較能保障人權。我國由於繼受歐陸法制，在刑事訴訟制度偏向職權主義，然在制度設計上，為平衡當事人的實力差距與強弱地位，故進一步各自賦予審方、檢方、辯方不同之義務及權利。審方：負有客觀性義務及澄清義務，例如須依其職權調查包括有利於被告在內之事實與證據，不能僅以辯方未聲明主張為由而為被告不利之判決（刑事訴訟法第163條第2項）；檢方：負有客觀性義務，例如應注意對被告有利之事證（刑事訴訟法2條），亦得為被告之利益為訴訟行為（刑事訴訟法344條第2項）；辯方（含被告）：具有特殊之防禦權如緘默權、基於聽審原則之閱卷權可檢閱卷宗與證物（刑事訴訟法33條），且基於國家之1訴訟照料義務，訊問被告時應告知被告緘默權、選任辯護權等其應有之訴訟權利（刑事訴訟法95條）。

　　同時近年來，隨著人權意識抬頭，我國於2003年正式將聯合國世界人權宣言中之「無罪推定」原則定入刑事訴訟法，無罪推定原則其實亦涵蓋了「不自證己罪原則」並與「罪疑為輕原則」息息相關，如此開宗明義地於證據章首條首項宣示，可說是刑事訴訟法上對於人權保障的一大進展。且修法後亦更落實當事人進行主義精神，明確規定證人、鑑定人詰問之次序、方法、限制、內容，改變目前由審判長主導訊問的現象。且法官只居於中立聽訟之裁判者身分，檢察官和律師在法庭上必須就所有的證據，盡其可能的交互詰問、相互攻防，來幫助法官釐清案情。

　　然現行實務對於刑事訴訟法中之人權保障，仍可謂破綻百出，例如警察執法過當、檢警不當偵訊；檢方未謹守「起訴審查制度」草率起訴、即便未發現具體新事證仍行禮如儀地上訴；辯方則往往因太過寬鬆且糢糊之254條第2項但書使，偵查機關得以輕易限制辯護人於偵查階段之在場權；而羈押雖為一法定對被告無罪推定原則之限制，然現行的羈押制度卻得僅因檢方認為被告犯重罪而向法院聲請羈押，造成押人取供的問題等。

　　故為進一步維護刑事訴訟法中當事人實質地位之平等，且貫徹「無罪推定原則」，尚待刑事訴訟條文在制定與執行上的修正。例如法官裁量權過大，應限制法官裁量權，依刑事訴訟法第158條之4規定，違法取得的證據，原則上不得採為罪證，例外情形，可酌採為證據。具體個案是否可以採為證據，應由法官審酌依人權保障與公共利益之均衡維護，以判斷可不可以做為證據。然由法官權衡決定，其標準模糊不清，驗以這幾年重大案件法官常作出驚人決定，造成社會極度不安，因此實有設定明確標準，限制法官裁量權的必要；而被告亦應享有充分之辯護保障，始符合在現行法治國家採行之控訴原則中被告取得之「程序主體」地位，例如讓強化偵查中律師的辯護權，包括在場權利的明確化及與被告間無障礙通訊接見的權利，以提供被告應有的法律協助、羈押庭召開前讓被告跟律師有適當時間談話以瞭解案情，羈押庭審理時檢察官應到庭，並將羈押理由以書面方式提供給律師與被告，讓律師能有效為被告辯護、被害人在法院審理階段，有獨立陳述意見的權利，並且讓被害人能聲請調查證據。

　　另在刑事訴訟程序中，被告實際經歷被警察逮捕以至檢察官起訴或不起訴處分，這段程序實有許多關於人權保障上的不足。例如目前刑事訴訟法仍未賦予強制辯護，而僅在§31 I規定「因當事人之聲請」。若參考民事訴訟的法院照料義務，法院或檢察官應告知貧窮的被告相關的法律協助，並在相關法律程序上予以協助，例如移送地檢署流程的告知、羈押相關法律要件的提醒、文件的填寫協助等等，這些在法條上無甚學說爭議的東西，反而是實際司法程序上最為重要者。

　　其實所有的制度設計後，皆仍視人為如何去操作。即便制度如何完善，只要檢警打著「發現真實」標竿、法官打著「自由心證」大旗，在執行面上往往第一被犧牲的就是刑事被告的基本人權。其實人民對司法改革的殷切期許，不外乎即改善裁判品質、提升人民對司法的信賴以及強化人權之保障。期許執政當局能聽見人民的聲音，將人民的希冀與需求列為優先順位。日前引起爭議之死刑存廢問題，雖然在目前配套措施（例如整體刑度的提升、被害人保護等）仍未臻完善之前提下，尚難輕易廢除，但就其實，刑罰乃是一種對人之生命自由財產等權利的剝奪，唯有執法者恪遵基本人權防線、嚴守發現真實界線，始能彰顯法治社會之真諦。