近年來由於兩岸經貿關係日趨緩和，政府政策也越發鬆綁，有越來越多台商都表達高度意願回台上市，據報導目前2010下半年度已經有40家台商擬回台上市，幾乎許多大陸台商均面臨股權移轉課稅困擾，以下就台商若考慮移轉大陸股權應注意事項說明如以下：

目前台商赴中國大陸投資有四種類型：
一、直接投資
　　1.台灣個人直接投資
　　2.台灣法人間接投資
二、間接投資
　　1.台灣個人間接透過境外公司投資
　　2.台灣公司間接透過境外公司投資

兩岸簽定ECFA後租稅優惠協定的迷思

　　目前大多數台商投資控股架構均是透過境外第三地，未來如果兩岸簽定租稅協定，允許台商比照香港享股利匯出5%優惠，被承認為真正台商的定義有兩項須注意：
1.經投審會報備核準
　─至於是否適用透過境外公司投資之台商定義視ECFA研議結果而論
2.符合國稅局《601號》文規定：在台灣有實質經營
　─故此，台商因須為符合上述因素而取消台灣與大陸間的多層架構，形成台灣投資大陸的單一架構，則須判別該股權移轉是否符合合理之商業目的。若不是基於合法商業目的而移轉，有可能面對大陸國稅局發布第59文規定須課徵10%資本交易所得稅；若是基於合法商業目的而移轉則有可能須根據698文規定，須課徵財產交易所得稅。

兩岸「移轉定價 避免重複課稅」機制待協商

　　台商目前普遍利用免稅天堂到大陸設立生產基地，台灣目前為接單主題將利潤留在免稅公司，故母子公司間關聯交易必然頻繁，免稅公司已成為各國之移轉定價查核重點，大陸台資企業因移轉定價問題被查核補稅，重則往前追溯五年的稅額造成重複課稅現象，故取消雙重課稅有以下三點待解決：
1.課稅主體之營業利潤採﹝就源﹞、﹝就籍﹞課徵看法仍有分歧
2.也未明確說明是否適用於直接與間接投資的台商
3.在大陸被移轉定價補稅，尚不能在台灣相對調整或抵稅負

導管公司不適用租稅協定之受益人

　　2009年 10 月 27 日發佈國稅函《601 號》「關於如何理解和認定稅收協定中“受益所有人”」的通知，通知中指出，“受益所有人”是指對所得或所得據以產生的權利或財產具有所有權和支配權的人；代理人、導管公司等不屬於“受益所有人”(P.S導管公司是指通常以逃避或減少稅收、轉移或累積利潤等為目的而設立的公司)，因這類公司僅在所在國登記註冊，只以滿足法律所要求的組織形式，而不從事製造、經銷、管理等實質性經營活動。因此若是沒有實際營運的香港、新加坡及模里西斯斯等公司，可能就無法適用5% 的利潤匯出稅率。

涉實際股權轉移，須課10%企業交易所得稅

　　所謂國稅局《59號》文規定，大陸企業因股權收購、資產收購、合併、分立、企業組織形式改變以及債務重組等、資產重組或併購造成股權變化，大陸稅局有權核定股權轉讓時的《公允價格》即擬轉賣該資產「市值」課徵所得稅，即使雙方約定以淨資產做平價交易也就是說無任何溢價，最後仍有可能被大陸稅務局按淨資產和註冊資本額間的差距課徵10%的企業所得稅。自2008年《59號》文公布後各地稅務局對企業股權變更逐一清查，若不涉及最終股東變更，即台灣公司股東地位及股權比例不變，以目前大陸當地執法情行來說，機率應不大。

股權轉換須有合理之商業目的

　　而《698號》文，對非居民企業股權轉讓明確了企業轉換股權時如何計算應稅所得，同時也規定非居民就間接轉讓股權提供相應資訊及文件的義務。境外投資方間接移轉中國居民企業的股權給另一家外國中間控股公司，如果該中間控股公司的存在僅僅為規避納稅義務而設立，如果被轉讓的中間控股公司所在國的實際稅負低於12.5%或對其居民境外所得不徵所得稅的，698號文重申了陸稅務機關運用一般反避稅原則來認定該中間控股公司的存在與否；且該須說明轉讓的中間控股公司具有合理商業目的的說明。