一、 偵查之重要性
1. 偵查之結果，常左右審判之結果，審判有時只是偵查結果之背書。
2. 偵查錯誤，常導致不能回復之損害，或因為對象之錯誤，或因為證據未能保全與鞏固，有時造成真正有罪者永遠逍遙法外，非但浪費司法資源，也減損刑法之嚇阻功能。
3. 偵查機關應保有相當之武器，以達到偵查結果正確之目的。
4. 偵查機關應有高度的自我期許，以及高度的制衡機制，以免偵查的錯誤。

二、 偵查與人權
1. 不論偵查之結果、過程皆與人權息息相關。
2. 起訴或不起訴的決定，對被告、被害人、社會利益皆極為重要，應儘可能避免錯誤之決定。
3. 偵查的過程，常有強制處分權的實施，對人民權利影響甚大。
4. 偵查的過程，即令無強制處分權的實施，成為偵查的「目標」，對人民的名譽、生活、工作，都有嚴重之影響。

三、 起訴裁量權
1. 錯誤之起訴對人民權利之影響甚鉅，無庸贅言；歷史上，國家機關為箝制或壓制人民之政治、宗教、社會爭議之不同思想，而惡意起訴之案例，亦所在多有。
2. 錯誤之不起訴，亦影響被害人之利益及社會公益。
3. 我國有「控制過度」、「缺乏控制」之過與不及問題。所謂「控制過度」，指許多敏感案件，人民認為起訴或不起訴之決定係黑箱作業，受執政者或上級長官影響；所謂「缺乏控制」，指許多案件有浮濫起訴或不起訴之情形，品質低劣，定罪率極低，令人懷疑檢察體制毫無控管功能。
4. 對於起訴裁量權的控制，美國之檢查體系透過檢察長之選舉制度，監督檢察體系之正常運作與品質。日本除有強而有力的檢察官內控機制外（幾乎無檢察官個人之決定而只有機關之決定），更有檢察審查會的外控機制。
5. 法務部應建立明確之政策，檢察官亦應先建立正確之觀念﹕非確信能取得有罪判決，不應起訴。我國檢察體系之監控機制亦應朝如此方向進行。
6. 我國應建立較目前刑事訴訟法第161條第2項更有效之起訴審查制度，使無必要、證據不充分之案件不得進入審判，當事人應賦予此一請求權。
7. 對於不提起公訴之決定，我國應考慮採用日本之檢察審查制，以制衡檢察官之不起訴裁量權。

四、 人身自由之限制
1. 檢察官不應擁有簽發拘票之權力。應改為﹕除有緊急情況，檢察官拘提人民，應先經法院之許可。
2. 檢察官目前仍有間接限制人身自由之權，例如命具保、限制住居等。且檢察官這些權力，幾乎毫無限制，得命被告提出巨額之交保金，得長時間限制人民之住居，法律皆無設限，已有違憲嫌疑。
3. 除緊急特殊情形外，檢察官不應擁有這些權力，應經法院許可，始得間接限制人民自由。
4. 即令檢察官擁有這些權力，也不應毫無限制，對於其裁量權之行使以及期限，都應有法律之明確規範，否則有違憲嫌疑。

五、 偵查中之羈押
1. 重罪羈押之條件，應極度限縮，以合於憲法比例原則，應限於死刑、無期徒刑或十年以上有期徒刑以上之案件，始有適用；且不以檢察官單純之指控為依據，檢察官為聲請時，應提出適度之證據以證明有成立罪之可能。
2. 偵查中之羈押程序，應採取當事人進行主義及言詞辯論主義，檢察官應於羈押審理提出證據，被告有權知悉羈押之理由及事實，以利答辯。
3. 偵查中之羈押庭，如被告貧窮，有權請求法院指派律師協助。
4. 羈押之目的，只在確保審判與執行，不得為「偵查」之目的而羈押，不得以押取供。也就是說，偵查機關不得先押人再徐徐蒐集證據。
5. 目前刑事訴訟法規定，偵查中之羈押期限為2個月，得再聲請延長2個月，等於准押人4個月以利偵查機關辦案，不合於比例原則。如不採取以上措施，此偵查中之羈押期限，應修改為較短之時間。

六、 非任意性自白之避免
1. 非任意性之自白，不但會造成冤獄，也會破壞司法機關、偵查機關之清廉公正形象。避免非任意性自白成為證據，不但為法院之責任，亦為偵查機關之責任。
2. 在自白排除法則上，不但應採取任意性法則，更應隨順人權趨勢、針對我國長期弊病，進一步採「預防性法則」、「嚇阻性法則」，來避免疑似非任意性的自白成為證據、嚇阻以非法方式企圖取得自白。
3. 為達到此目的，應尊重緘默權、律師權之實質功能﹕被告遭拘提逮捕時，若行使緘默權，偵查機關應尊重其權利，暫時不得再為訊問；被告行使律師權時，偵查機關應使其與律師最少有一次會面之機會後，始得再為訊問。
4. 辯護人與受拘捕被告會面時，應有完全充分自由溝通不受監聽的權利。

七、 筆錄製作
1. 偵查筆錄常造成無止盡之訟爭，甚至冤獄。
2. 筆錄之製作，應隨科技之發達，以追求精確、客觀為原則。
3. 筆錄紀錄人員應有相當之獨立性，不應聽信訊問者（檢察官、警察）之指揮而摘錄、改變問答內容。

八、 落實現代司法應有之基本觀念
1. 人民在偵查中，不應被稱為被告，應稱為嫌疑犯或嫌疑人，刑事訴訟法相關條文應予修改。
2. 偵查中受訊問對象（被告或證人），皆使其就座而問，不應命其罰站。
3. 嚴厲貫徹刑事訴訟法第98條規定，並且使之亦適用於證人之訊問。訊問被告或證人，不應以嘲諷、威脅、誤導等不正之方式為之。我國實務仍常見檢察官以非常不人道、不文明、鄙視、嘲弄、輕蔑之文字語氣訊問被告或證人。法務部應嚴格執行此一法律與政策，嚴懲違反人員。

九、 偵查之秘密與期限
1. 偵查不公開，為偵查機關應遵守之義務。但在許多案件中，偵查秘密有顯然外洩之情形，卻不見偵查機關之檢討與報告，常不了了之。
2. 檢察官目前偵查並無期限規定，對當事人權利影響甚鉅。因於一定情事發生後，被告即擁有受迅速審判之權利，例如於命具保、限制住居後之一段期間內，檢察官必須為起訴或不起訴處分，以保護人民受迅速審判之權利。

十、 檢察官淘汰機制
1. 檢察官之品質，決定司法之良窳。
2. 全國司改會議題號次：三之三、「探討法官與檢察官之評鑑、監督與淘汰」編號二十八，提案五：立法明定檢察官之淘汰制度，【結論】經法定程序認定不適任的檢察官，應依法予以淘汰。
3. 全國司改有共識、決議之結論—「經法定程序認定不適任的檢察官，應依法予以淘汰」，經十年竟仍未履行，亦不知何時可能履行，足見相關機關嚴重怠惰，視全國司改決議於無物。

十一、 證人之保護
1. 偵查機關有時以刑事訴訟法所無之「關係人」傳喚人民，雖有其特殊之目的，但於法不合。所生問題為「關係人」在法律上享有何權利？
2. 偵查機關所傳喚之「證人」，有時經檢察官改列為「被告」而起訴。其於「證人」受訊時，未享有「律師權」之保障，其所做陳述，是否得成為審判中不利之證據？再者，「證人」有時對於自己之權利不甚知悉，對於所謂「不自證己罪」之意義不真切了解，有時遭誤導而放棄權利或做出不利之錯誤陳述。
3. 綜上，應使證人、關係人於偵查中之訊問，亦享有請求律師陪同到場之權利。

十二、 隸屬於國會或總統之司法改革委員會設立
1. 我國前次全國司法改革會議，以僅僅三日時間，即決定全國司法重大政策。
2. 日本司法改革委員會以多年期間研究、討論、決定國家之重大司法政策，所做決議，也付諸實現。有鑑於審、檢、辯三方之對立，以及司法改革必須經得起全民檢驗，而不只是法律人圈內之意見，因此改革委員會設立13個委員，其中法律人士不得超過二分之一。在法律人士中，學者就佔據3人，審、檢、辯三方只能填補所餘其他名額。
3. 其他國家，也有長期存在隸屬於總統或國會之司法改革委員會，或針對特定議題（如量刑）而設之委員會，絕非短短數日決定全國司法重大政策。也絕非於議決後，即將決議束之高閣，成為立法或行政機關之參考資料，供後世子孫憑弔而已。
4. 我國司法弊病甚深，問題亦極為複雜，應於總統或國會之下設立一長期且有相當權力之司法改革研究、監督、執行委員會。